Una volta acquisito il quadro conoscitivo si individua ciò che impedisce di raggiungere uno stato di qualità buono delle acque. 

L"indagine prevede analisi chimiche tradizionali di laboratorio dei campioni d"acqua e analisi biologiche. Si raccolgono organismi presenti nei corsi d"acqua e a seconda della tipologia si comprende la qualità delle acque. Le analisi biologiche prevedono una raccolto di campioni di organismi, larve ed insetti. A queste analisi si aggiunge quella ittica per definire un quadro biologico completo e capire se la qualità è sufficiente a seconda che permetta o meno la sopravvivenza di un ecosistema diversificato. Ogni 6 anni il piano di tutela delle acque viene rinnovato. Oggi i due terzi delle acque del Trentino si trova in uno stato ecologico buono e il 16% è in stato elevato buono, il che significa che anche la vegetazione e il fondo dei corsi d"acqua sono inalterati. La parte rimanente è invece in sofferenza. La mappa a livello provinciale racconta l"ottima qualità dei territori montani, mentre i territori come la Val di Non, la Valsugana, il Bleggio e l"Asta dell"Adige sono caratterizzati da agricoltura intensiva che le acque registrano. Dove vi è un intenso sfruttamento della risorsa territoriale agricola, questo viene letto nella qualità delle acque. Dal 2015 il piano di tutela delle acque prevede misure e numerose azioni volte a migliorarne la qualità , ascrivibili al comparto agricolo. Spesso la causa è una depurazione non perfetta come accade ad esempio in territori come la Val di Non e la Val di Sole, in cui ci si avvale di Imhoff.

Per questo si prevedono nuovi impianti a Cloz e Caldes che miglioreranno la situazione. 

Molto importanti sono stati gli accordi di programma sottoscritti nel 2015 e nel 2017 con le associazioni di categoria "“ Apot, Consorzi Vini del Trentino e Fem "“ che hanno introdotto modalità operative tra gli agricoltori con cui sono stati raggiunti risultati interessanti. Ad esempio con l"eliminazione di alcuni insetticidi nel 2017 che non si trovano più nelle acque. Si sta lavorando anche per evitare la concentrazione di fitofarmaci migliorare il lavaggio di mezzi agricoli consortili, inoltre otto corpi idrici che erano in un cattivo stato di qualità , grazie all"accordo di programma sono stati sanati per un trend che appare positivo. Anche a proposito dei caricabotte (zona dove si dovrebbe caricare solo acqua nell"atomizzatore evitando un collegamento diretto con la rete delle acque bianche), Caneppel ha spiegato che tutte le situazioni critiche sono state individuate, gestite e messe in sicurezza. Una delibera della Giunta provinciale ha fissato linee guida per la realizzazione dei nuovi caricabotte e l"adeguamento di quelli esistenti. Anche il lavaggio dei mezzi agricoli è stato messo in sicurezza dopo che nelle acque bianche erano stati rilevati principi attivi. Per questo è stato prescritta la realizzazione di centri recintati di raccolta delle acque di lavaggio per evitarne la dispersione nei campi.